Gölköy lisesi olarak şu anda Gölköy Mesleki ve Teknik Eğitim Merkezi´nin(METEM) bulunduğu binada 1973-1974 eğitim-öğretim yılında açılmıştır.1991-1992 Eğitim-öğretim yılında ise bakanlığımızın 03/09/1991 tarih ve 1760 sayılı makam onayları ile "Çok Programlı Lise" uygulamasına dönüştürülmüştür.2001-2002 Eğitim-öğretim yılından itibaren okulumuz bünyesinde "Yabancı Dil Ağırlıklı Lise" açılmıştır.
Gölköy Lisesi´nin esas açılışı bakanlığımızın 01/10/2004 tarihli ve 7407 sayılı makam onaylarıyla, şu anda eğitim hizmeti vermekte olduğumuz Vakıflar Genel Müdürlüğünce öğrenci yurdu olarak yaptırılan ve Milli Eğitim Bakanlığına devredilen binaya 2005/2006 eğitim öğretim yılının II. kanaat döneminde taşınmasıyla gerçekleşmiştir. 2005/2006 Eğitim öğretim yılından itibaren okulun en üst katında 90 kız öğrenci kapasiteli pansiyon açılmıştır. 2007/2008 Eğitim öğretim yılından itibaren kız pansiyonumuzun kapasitesi 200 öğrenciye çıkarılmıştır.
2010/2011 Eğitim öğretim yılında okulumuz binasında "Anadolu Öğretmen Lisesi" açılmış olup bakanlık oluruyla "Gölköy Lisesi" nin kademeli olarak kapanmasına karar verilmiştir. Gölköy Anadolu Öğretmen Lisesi ilk mezunlarıyla %70 oranında üniversiteye öğrenci yerleştirme başarısı elde etmiştir. 2014 yılında ise Milli Eğitim Bakanlığı Ortaöğretim Genel Müdürlüğünün 05/06/2014 tarih ve 83203306/10.03/2288835 sayılı Anadolu Öğretmen liselerinin fen liselerine, sosyal bilimler liselerine ve Anadolu liselerine dönüştürülmesine dair bakanlık onayı ile Anadolu lisesine dönüştürülmüş ve Fatih Anadolu Lisesi adını almıştır. 2014-2015 öğretim yılında Fatih Anadolu Lisesi 4 şube 136 öğrenciyle 9. Sınıftan itibaren kademeli olarak öğretime başlamış, öğretmen lisesi ise kademeli olarak kapanma sürecine girmiştir. 1. yabancı dili İngilizce 2. yabancı dili Almancadır.
Okulumuz 14/06/2016 tarihli ve 6519935 sayılı Bakan onayıyla 120 kontenjan 4 şube olarak Fen Lisesi’ne dönüştürülmüştür.2017-2018 Öğretim yılında 3 şube 90 öğrenci ile eğitim öğretime devam etmiştir.2018-2019 Eğitim ve Öğretim yılında da okulumuz Türkiye genelinde tüm fen liselerinin proje okulu kapsamına alınmasıyla proje okulu olmuştur. 2019-2020 eğitim-öğretim döneminde yapılan denetimler sonucunda okul binamızın depreme dayanıksız olduğu tespit edilmiş ve binanın yıkılmasına karar verilmiştir. 2024-2025 eğitim-öğretim döneminin 2.yarısına kadar, şu anda Gölköy Şehit Yaşar Biçer Mesleki ve Teknik Anadolu Lisesi olan binada eğitim-öğretim faaliyetlerine devam edilmiştir.2024-2025 eğitim-öğretim yılının 2.dönemi itibariyle okulumuz Gölköy Mahallesi Aybastı Caddesi No:23 sayılı adresinde bulunan yeni binasına taşınmış olup eğitim ve öğretime bu binada devam edilmektedir.
